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Der FC Carl Zeiss Jena wurde ursprünglich am 13. Mai 1903 gegründet und war im ersten Jahr ausschließlich für Angestellte der Firma Carl Zeiss zugänglich.

Nach mehreren internen Veränderungen und einigen Namensänderungen kam es am 20. Januar 1966 jedoch zur Neugründung des Vereins. In der Gau-Meisterschaft Ostthüringen (ab 1909) und der Gauliga Mitte (ab 1933) war der FCC nahezu konkurrenzlos. Bis zur russischen Besatzung nach dem 2. Weltkrieg konnte man zahlreiche Titel gewinnen und auch in der DDR-Liga für Furore sorgen. Nach 1963, wurde der Club außerdem 1968 und 1970 Meister und konnte zusätzlich 4 Titel als DDR-Pokalsieger verzeichnen, wodurch der Club bis heute in der ewigen Tabelle der DDR-Oberliga den 1. Platz belegt.

Zu dieser Zeit entwickelte sich der Verein zu einem so genannten Leistungszentrum. Durch zielgerichtete Förderung sollte der Anschluss an den internationalen Spitzensport hergestellt werden, wodurch über viele Jahre Spieler anderer Vereine in den FCC "delegiert" wurden.

Der größte Erfolg der Vereinsgeschichte folgte einige Jahre später, als man nach Siegen gegen europäische Topclubs wie AS Rom, FC Valencia und Benfica Lissabon ins Finale der Pokal der Pokalsieger einzog, dieses jedoch denkbar knapp in Düsseldorf gegen Dinamo Tiflis mit 1:2 verloren geben musste.

Nach dieser Spielzeit blieben die großen Erfolge aus und es begann eine Durststrecke für den Verein, bis man sich in der letzten DDR-Oberliga-Saison 1990/91 mit einem sechsten Platz für die 2. Bundesliga qualifizieren konnte. Man spielte relativ konstant und konnte sich auch im DFB-Pokal 2 mal bis ins Viertelfinale kämpfen.

Nach dem Abstieg 1998 in die Regionalliga folgte 2001 ein erneuter Rückschlag mit einem weiteren Abstieg in die Oberliga Nordost. Dieser Viertklassigkeit gehörte man 4 Jahre lang an, bis unter Trainer Heiko Weber der Durchmarsch zurück in die 2. Bundesliga im Jahre 2005/06 gefeiert werden konnte und man nach dem FC Gütersloh in der Saison 1995/96 erst die zweite Mannschaft war, der dieses Kunststück gelang. In der zuletzt abgelaufenen Spielzeit geriet der FCC in enorme Abstiegsgefahr, wodurch man sich gezwungen sah, Weber zu entlassen. Nachfolger wurde der frühere Bundesligaprofi Frank Neubarth, unter dem die Mannschaft bis Saisonende ungeschlagen blieb und den Klassenerhalt als Tabellen-13. sicherstellen konnte. Man darf gespannt sein, wie Trainer und Team in die neue Saison starten werden...